国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题：疟原虫致病因子及其变异规律和调控机制（陈启军为子课题负责人，沈利为第二课题组负责人） 300,000元（2009.1.1----2011.12.31，项目批准号：2007CB513101）  

国家自然科学青年基金：筛选与日本血吸虫四跨膜蛋白相互作用的宿主蛋白 （沈利为项目负责人） 200,000元（2009.1.1----2011.12.31，项目批准号：30800964）

国家863项目子课题：产长链二元酸菌株筛选和基因改造以及发酵和提取过程产物分析检测（王兰芳为子课题负责人）780,000元（2015.1----2017.12项目批准号：SQ2015AA0202264）

国家自然科学青年基金：MAPK通路在AMP诱导的肠上皮细胞凋亡中的作用 （王兰芳为课题负责人）250,000元（2012.1----2014.12，项目批准号：31101720）

上海市科委启明星A类基金：日本血吸虫糖基化磷脂酰肌醇锚定蛋白在宿主血液中转运机制研究（沈利为项目负责人）150,000元（2009.7.1----2011.6.30，项目批准号：09QA1405900）

“中央高校基本科研业务费专项资金”（同济大学）：日本血吸虫感染对宿主脂质代谢的影响及其机制的研究（沈利为项目负责人）200,000元（2012.1.1----2013.12.31）

上海蓝怡科技股份有限公司资助项目：全自动细菌检测仪的药敏和鉴定原理（沈利为项目负责人）900,000元（2014.4.1----2015.12.31）

上海市科委项目：全自动细菌检测仪（沈利为项目参与人）共800,000元，沈利100,000元（2014.7.1----2017.9.30）

上海健士星科技有限公司资助项目：高纤燕麦乳（C）人体试食实验中肠道微生物的检测 （沈利为项目负责人）230,000 元（2015.1.1----2015.6.30）

上海健士星科技有限公司资助项目： 育发精华液的微生物检测（沈利为项目负责人）113,000元（2015.12.15----2016.6.30）

上海健士星科技有限公司资助项目："植雅健发防脱洗发水"微生物检验（沈利为项目负责人）63,470 元（2016.8.1----2016.10.30）

上海蓝岚生物科技有限公司资助项目：【VAT】“芦荟粉”动物喂养试验的肠道菌群检测（沈利为项目负责人）30,470 元（2016.9.1----2016.12.30）

国家自然科学基金：肠屏障功能紊乱在术后肠麻痹发病学中的作用及与Toll样受体信号通路的关系（李永渝为项目负责人，沈利为第二参与人）640,000元（2016.1.1----2019.12.31，项目批准号：31571181）